形成阴茎短小的原因是多种多样的，有先天的因素，也有后天的因素，遗传基因的影响最为根本，常见原因如下：
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(1)在母体怀孕期间因药施用不当，影响雄性激素的分泌，先天不足；
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(2)缺乏健壮性机能的营养和原素，形成先天发育不良；
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(3)青少年发育期间，营养不足，起不到壮大性器官的作用；
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(4)内体寒、怕冷、体内阳气不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分内缩于腹内；
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(5)性生活过度，身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小；
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(6)患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足；
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(7)包皮过长，缺乏生长的必要空间，阴碍阴茎的发育生长。阴茎勃起在11-15公分属正常，短于10公分则属短小。
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